Při manipulaci s menším množstvím CHLaS kontrolované subjekty problematiku skladování podrobněji neřeší. Často volí ten nejjednodušší způsob, tzn. volné uložení přímo na místě používání, bez správného umístění, označení, otevřené a nezajištěné obaly. V těchto případech pak může dojít k únikům těchto látek, které mnohdy končí závažnými důsledky, jako jsou poškození zdraví (poleptání, intoxikace, otravy atd.), škody na majetku (požáry, výbuchy) a ohrožení životního prostředí. Cílem inspektorů při kontrolách je těmto událostem předcházet a zaměřit se na dodržování stanovených organizačních a technických zásad bezpečného skladování.
Je třeba si uvědomit, že skladování je celý soubor činností – od příjmu, vlastního uskladnění ve skladovacím prostoru a vydávání CHLaS. Za skladovací prostor je považován prostor určený ke skladování, vybavený skladovací technikou a zařízením. Povinnost zpracovat „Místní řád skladu“ ukládá technická norma ČSN 26 9030 Manipulační jednotky – Zásady pro tvorbu, bezpečnou manipulaci a skladování. Tato povinnost platí i pro sklady nebezpečných látek (chemikálie, výbušniny aj.). Obecné požadavky na bezpečné skladování NCHLaS stanoví § 237 a 238 vyhlášky č. 48/1982 Sb., kterou se stanoví základní požadavky k zajištění bezpečnosti práce a technických zařízení, ve znění pozdějších předpisů (skladovat nebezpečné látky jen na místech k tomu určených, v předepsaném množství a v bezpečných obalech; na obalech musí být vyznačen jejich obsah a bezpečnostní označení; společně se smí skladovat jen ty nebezpečné látky nebo směsi, které spolu nereagují nebezpečně).
Další požadavky na skladování jsou uvedeny v bodu 10. a 11. přílohy nařízení vlády č. 101/2005 Sb., o podrobnějších požadavcích na pracoviště a pracovní prostředí, které stanoví základní požadavky na skladování a manipulaci s břemeny a specifické požadavky na skladování pohonných hmot, hořlavých kapalin a tuhých maziv.
Kontroly oblastních inspektorátů práce (dále jen OIP) jsou zaměřeny zejména na zvýšené riziko vzniku možné nebezpečné situace (úrazu či havárie) v souvislosti se vzájemnými reakcemi nebezpečných látek či v souvislosti s nedostatečným vyhodnocením možného výbušného nebo nedýchatelného prostředí. Inspektroři OIP se při kontrolách manipulace a skladování NCHLaS zaměřují na to, CO, KDE a JAK je skladováno a KDO za skladování odpovídá. Vychází z toho, jaká je celková skladba používaných a skladovaných CHLaS, jejich nebezpečnost, fyzikální a chemické vlastnosti a množství; zda jsou k dispozici bezpečnostní listy používaných CHLaS, jakým prokazatelným způsobem jsou s nimi zaměstnanci seznámeni. Kontrola je zaměřena i na provedení a organizační zajištění skladu, vybavení zaměstnanců stanovenými osobními ochranými pracovními prostředky (dále jen OOPP) v souladu s bezpečnostními listy, úplnost havarijní soupravy pro případ likvidace úniku látek, odolnost podlahy ve skladu, zajištění záchytných jímek, stanovení odpovědné osoby a její odborná a zdravotní způsobilost, způsob výdeje a příjmu CHLaS.
Mezi nejčastější nedostatky zjištěné v souvislosti se skladováním NCHLaS patří nedostatečně vyhodnocená rizika, nedostatečné seznámení zaměstnanců s nebezpečnými vlastnostmi látek, nesprávně zvolené OOPP či jejich nepřidělování zaměstnavatelem, nekontrolování jejich používání, také nebezpečné postupy při skladování a způsoby práce s nebezpečnými látkami, které zaměstnavatelé mnohdy přehlíží a tolerují.