Poplatek za znečišťování za kalendářní rok 2017 a následující poplatková období se vypočte jako součin základu poplatku, sazby a koeficientu úrovně emisí, uvedeného v příloze č. 9 bodu 2 k zákonu, stanoveného podle dosahované emisní koncentrace dané znečišťující látky v celém poplatkovém období. Po sečtení poplatků za jednotlivé znečišťující látky za všechny stacionární zdroje v rámci provozovny se celková částka zaokrouhlí na celé stokoruny nahoru.
Poplatník je povinen do 31. března roku následujícího po skončení poplatkového období podat krajskému úřadu poplatkové přiznání prostřednictvím ISPOP. Poplatkové přiznání není povinen podat poplatník, u něhož celková výše poplatků za provozovnu za poplatkové období činí méně než 50 000 Kč.
K vyměření poplatku podle § 15 odst. 5 a 6 zákona
Mechanismus osvobození, resp. úlev od poplatků, uvedený v § 15 odst. 5 a 6 zákona je podmíněn dosahováním stanovení emisní koncentrace v celém poplatkovém období. Formulace obsažená v § 15 odst. 6 písm. b) a c) „...dosahuje v celém poplatkovém období nižší emisní koncentrace..." znamená, že neexistuje během poplatkového období doba, kdy by emisní koncentrace byla vyšší než stanovená úroveň.
Zatímco jednorázové měření poskytuje informaci o emisních koncentracích dosahovaných během měření, které trvá dle okolností v jednotkách hodin, kontinuální měření emisí poskytuje tuto informaci průběžně, a to během celého roku.
K prokázání plnění podmínky stanovené emisní koncentrace v písm. b) a c) lze nepochybně využít výsledky kontinuálního měření emisí (platné průměry, které definují splnění emisního limitu), naopak k prokázání plnění podmínky není možné použít jednorázové měření emisí ani výpočet emisí (s použitím emisních faktorů, měrné výrobní emise nebo emisní bilance ve smyslu § 12 vyhlášky č. 415/2012 Sb., o přípustné úrovni znečišťování a jejím zjišťování a o provedení některých dalších ustanovení zákona o ochraně ovzduší).
V případě zdrojů, pro které jsou stanoveny nejlepší dostupné techniky, a to ať již v Závěrech o BAT1 nebo v BREF2, se postupuje dle § 15 odst. 6 písm. b) a nikoliv dle písm. c) zákona, které je určeno pro zdroje, pro něž nejsou nejlepší dostupné techniky specifikovány.
V případě § 15 odst. 6 písm. a) zákona je formulace „...dosahuje v celém poplatkovém období nižších ročních emisí..." odlišná, odkazuje na množství emisí za rok, a k prokázání plnění podmínky je proto přípustný i výpočet emisí s použitím emisních faktorů, měrné výrobní emise nebo emisní bilance, přičemž pro srovnávací rok 2010 jsou rozhodné emise ohlášené v rámci souhrnné provozní evidence prostřednictvím integrovaného systému plnění ohlašovacích povinností podle zákona č. 25/2008 Sb. v platném znění za poplatkové období roku 2010, přičemž v případě pochybností o výši emisí ze stacionárního zdroje a způsobu jejich výpočtu se vychází z údajů provozní evidence.
Rekonstrukcí nebo modernizací je myšleno jakékoliv technické opatření vedoucí ke stanovenému snížení emisí. Jestliže dojde v rámci provozovny k náhradě stávajícího zdroje novým či několika novými zdroji, měly by být tyto případy považovány za modernizaci dle § 15 odst. 6 písm. a) zákona. Pokud tedy bude po takové modernizaci současně splněna některá z podmínek požadovaného snížení emisí v porovnání s rokem 2010, bude možné uplatnit nevyměření poplatku za emise ze zmodernizovaného zdroje, resp. nového zdroje, který v rámci provozovny nahradil zdroj původní. Úleva od poplatku nemůže být využita u zdrojů, kde bylo požadované úrovně dosaženo jinak než rekonstrukcí nebo modernizací, např. omezením výroby na stávajícím zdroji.
Z textu ustanovení § 15 odst. 6 zákona je zřejmé, že k možnosti uplatnění požadavku na nevyměření poplatku pro konkrétní znečišťující látku nemusí být stanovené podmínky písm. a), b) nebo c) splněny kumulativně, nýbrž postačuje splnění jedné z nich ve vztahu k dané znečišťující látce.